Ateliers R Trucs et Astuces

Introduction au versionnage de code avec git et GitLab

Raphaël Royauté & Armand Favrot

INRAE UMR EcoSys

2025-03-26

Objectifs

  • Utiliser les actions commit, push et pull pour communiquer entre votre environnement local et le serveur GitLab
  • Créer et gérer différentes branches pour votre projet
  • Fusionner des branches à l’aide d’un merge request
  • Faire un fork(fourche) à partir d’un dépôt existant
  • Créer des issues pour documenter les évolution et problèmes rencontrés lors de votre projet

Contexte

Les 4 R de la reproductibilité du code 1

Petit rappel

Bonnes pratique de code

  • Travailler par projet
  • Séparer données / scripts / sorties
  • Documenter son code
  • Versionner son code

Versionner son code

Pourquoi ?

  • Traçabilité du code
  • Retour à une version antérieure
  • Synchronisation du code avec un serveur
  • Coder en équipe

Versionner son code

Comment ?

Git

  • Logiciel libre de gestion de versions
  • Gère les différents états d’un code au cours du temps

GitLab

  • Serveur de versionnage préconnisé par INRAE
  • Instance institutionnelle ForgeMIA
  • Permet synchronisation du code entre dépôt local et serveur via git

Versionner son code

Comment ?

Fonctionnement général

Versionner son code

Comment ?

Fonctionnement général

Versionner son code

Comment ?

Fonctionnement général

Versionner son code

Comment ?

Fonctionnement général

Versionner son code

Comment ?

Fonctionnement général

Versionner son code

Comment ?

Fonctionnement général

Configurer git sur RStudio et ForgeMIA

Versionner son code en local

  • Créez un projet demo_gitlab sur ForgeMIA
  • Clonez le projet en local
  • Ajoutez des fichiers
  • Faites un commit

Exercice 1 - gestion des commits

  • Modifiez votre code et faîtes un nouveau commit
  • Revenez au commit initial

Exercice 2 - Versionner avec GitLab

  • Utilisez la commande Push dans RStudio
  • Que s’est-il passé ?

Exercice 3 - Versionner avec GitLab

  • Modifiez le fichier README depuis le dépôt GitLab
  • Comment synchroniser avec votre dépôt local ?

Travailler avec des branches

Branches, fourches et merge request

Exercice 4 -Branches, fourches et merge request

  • Créez une fourche du projet rtt-04-fourches
  • Clonez le projet sur votre ordinateur
  • Apportez vos modifications
  • Envoyez vos modifications vers le dépot originel à l’aide d’un merge request

Pour aller plus loin

Git

Reproductibilité du code

Science reproductible

Illustrations git : Alison Horst

Que faire en cas d’urgence?