Ateliers R Trucs et Astuces

Objectifs

• Utiliser les actions commit, push et pull pour communiquer entre votre environnement local et le serveur GitLab
• Créer et gérer différentes braches pour votre projet
• Fusionner des branches à l’aide d’un merge request
• Créer une issue pour documenter les évolution et problèmes rencontrés lors de votre projet

Contexte

Les 4 R de la reproductibilité du code ¹

Petit rappel

Bonnes pratique de code

• Travailler par projet
• Séparer données / scripts / sorties
• Documenter son code
• Versionner son code

Versionner son code

Pourquoi ?

• Traçabilité du code
• Retour à une version antérieure
• Synchronisation du code avec un serveur
• Coder en équipe

Versionner son code

Comment ?

Git

• Logiciel libre de gestion de versions
• Gère les différents états d’un code au cours du temps

GitLab

• Serveur de versionnage préconnisé par INRAE
• Instance institutionnelle ForgeMIA
• Permet synchronisation du code entre dépôt local et serveur via git

Versionner son code

Comment ?

Fonctionnement général

Versionner son code

Comment ?

Fonctionnement général

Versionner son code

Comment ?

Fonctionnement général

Versionner son code

Comment ?

Fonctionnement général

Versionner son code

Comment ?

Fonctionnement général

Versionner son code

Comment ?

Fonctionnement général

Configurer git sur RStudio et ForgeMIA

Versionner son code en local

• Créez un projet demo_gitlab sur ForgeMIA
• Clonez le projet en local
• Ajoutez des fichiers
• Faites un commit

Exercice 1 - gestion des commits

• Modifiez votre code et faîtes un nouveau commit
• Revenez au commit initial

Exercice 2 - Versionner avec GitLab

• Utilisez la commande Push dans RStudio
• Que s’est-il passé ?

Exercice 3 - Versionner avec GitLab

• Modifiez le fichier README depuis le dépôt GitLab
• Comment synchroniser avec votre dépôt local ?

Travailler avec des branches

Branches, fourches et merge request

Exercice 4 -Branches, fourches et merge request

• Créez une fourche du projet rtt-04
• Clonez le projet sur votre ordinateur
• Apportez vos modifications
• Faites un push vers le dépot originel à l’aide d’un merge request

Pour aller plus loin

• Formation complète INRAE
• Science as amateur software development
• Webinaires SORTEE (la plupart avec une page github avec instructions & scripts)
• Rapports reproductibles Quarto (intégrer code & texte sous différents formats)
• Building Reproducible Analytical Pipelines with R
• Illustration git : Alison Horst

Que faire en cas d’urgence?